2016年11月に行われた『アニ×ワラ』vol.6の中で第3期が発表され、2017年1月より放送中。タイトルは『ちょぼらうにょぽみ劇場 あいまいみー 〜Surgical Friends〜』。2016年12月にはAT-X他で第3期決定記念の『番宣スペシャル』を放送。